Эффективная ставка для микрофинансовых институтов определяется совокупностью платежей, обусловливающих получение займа. Наряду с объявленными процентами могут взиматься членские, регистрационные взносы, вмененные платежи на единовременной или регулярной основе, что в совокупности повышает удельную доходность операций микрофинансового института. Например, применение регистрационных взносов при поступлении в кооператив и условие обязательного внесения сбережений в размере 10% от суммы испрашиваемого займа, позволяет в кооперативе «Содействие» довести эффективную процентную ставку до 10-14% в месяц при номинальной – 9%. Дифференцированная система платежей за рассмотрение заявок на предоставление займов, применяемая кооперативом «Возможность-Доверие» (Нижегородская область), позволяет довести эффективную процентную ставку до 11-16%, при базовой (номинальной ставке) 9% в месяц.
Новгородский государственный фонд поддержки малого предпринимательства при расчете платежей по займам применяет условный 28-дневный месячный цикл, таким образом, в годовом обороте как бы возникает дополнительный месяц, а совокупная эффективная ставка увеличивается на 8% (в годовом исчислении) по сравнению с номинальной.